Date: Wed, 10 Jun 2009 11:47:57 +0200
Reply-To: Joakim Englund <joakim.englund@GMAIL.COM>
Sender: "SAS(r) Discussion" <SAS-L@LISTSERV.UGA.EDU>
From: Joakim Englund <joakim.englund@GMAIL.COM>
Subject: Fwd: FW: Kommentarer från AZ Q28125
In-Reply-To: <05B213A966E380449A058F1DC4298AF38AD922561C@IEEDC-AMBXA00.quintiles.net>
Content-Type: text/plain; charset=windows-1252
Dear SAS-l,
Please review the mixed model and GLM output below for a clinical study. In
the first, the proc mixed output then *intra*-subject variability (the
CovParm estimate for Residual) is much higher than the *inter*-subject
variability (the CovParm estimate for subject nested within treatment
sequence).
However, in the proc GLM output for the same model further down the residual
variance (intra-subject variability) is the same, but the estimate for
SUBJECT(TRTSEQ) (inter-subject variability) is now about factor 10 higher
compared with proc mixed and larger than the residual variance, i.e. a
reverse order is the case when comparing inter-/intra-subject variability
ratios between proc mixed and proc glm.
Does anybody know why this is? An urgent reply is much appreciated.
KR,
Joakim
---------- Vidarebefordrat meddelande ----------
Från: Joakim Englund <Joakim.Englund@quintiles.com>
Datum: den 10 juni 2009 11:35
Ämne: FW: Kommentarer från AZ Q28125
Till: "joakim.englund@gmail.com" <joakim.englund@gmail.com>
*From:* Anders Lindeberg
*Sent:* 10 June 2009 11:19
*To:* Joakim Englund
*Subject:* FW: Kommentarer från AZ Q28125
Hej glömde dig när jag skickade
/Anders
*From:* Anders Lindeberg
*Sent:* den 10 juni 2009 10:24
*To:* Malin Schollin; Maria Bertilsson; Gary Jansson
*Subject:* FW: Kommentarer från AZ Q28125
Hej,
Jag kollar en fråga från AZ on Inter-subject %CV resp Intra-subject %CV. Har
vi någon definition från AZ om vad det innebär? Enligt fotnot beräknas den
%CV calculated as sqrt(exp(sd^2)-1))*100, where sd is the standard deviation
of log-transformed PK parameter., dvs vanlig formel utgående från Variansen.
Vi beräknar den, I flera studier, utifrån PROC MIXED där vi tar ut covparms
som för cmax här blev.
proc print data=covparms ; run
;
Obs _NAME_ CovParm
Estimate
3 cmaxdec SUBJECT(TRTSEQ)
0.004405
4 cmaxdec Residual 0.02784
Residual används sen för “Intra” och SUBJECT(TRTSEQ) för ”Inter”.
intra=100*sqrt(exp(residual)-1);
inter=100*sqrt(exp(SUBJECT_TRTSEQ_)-1);
För att kolla att jag förstår covparms förde jag även GLM och får
Sum of
Source DF Squares Mean Square F Value
Pr > F
Model 40 1.81522192 0.04538055 1.63
0.0376
Error 68 1.89289694 0.02783672
Source DF Type III SS Mean Square F Value
Pr > F
TRTSEQ 6 0.52627951 0.08771325
3.15 0.0087
studyper 2 0.05020130 0.02510065
0.90 0.4107
ACTTRTXT 2 0.00510643 0.00255321 0.09
0.9125
SUBJECT(TRTSEQ) 30 1.23153846 0.04105128 1.47 0.0943
Tar jag bort TRTSEQ I modellen får jag
Source DF Type III SS Mean Square F Value
Pr > F
studyper 2 0.05020130 0.02510065 0.90
0.4107
ACTTRTXT 2 0.00510643 0.00255321 0.09
0.9125
SUBJECT 36 1.75781797 0.04882828 1.75
0.0232
Dvs Residual från MIXED stämmer med Mean Square Error från GLM, som tolkas
som återstående variation sedan SUBJECT, PERIOD och BEHANDLING använts som
förklaringsvaribler. Den kallas tydligen här ”INTRA-subject?
SUBJECT(TRTSEQ) är ju ett mått på hur mycket av kvadratsumma som förklaras
av skillnader mellan subjects. Det verkar väl rimligt att den kallas
INTER-subject?
Mina undringar.
Har vi någon AZ-text som definierar INTER och INTRA-subject %CV ?
Vi får stor skillnad mellan GLM och MIXED beträffande SUBJECT(TRTSEQ) . Hade
vi använt GLM skulle INTER blivit större än INTRA, vilket är vad Yusong
förväntat sig. Förstår någon varför skillnaden blir så stor?
/Anders
*From:* Carolina Bredhult
*Sent:* den 9 juni 2009 15:12
*To:* Anders Lindeberg
*Subject:* FW: Kommentarer från AZ Q28125
Hej Anders!
Jag tänkte bara påminna om att jag skulle behöva ett svar på frågan nedan,
helst inte senare än i morgon förmiddag. Förhoppningsvis stämmer allt, men
det kan vara bra att göra en extra koll. Eftersom AZ vill att jag skickar
vidare ditt svar till dem vore det bra om du kunde skriva det på engelska.
Vänliga hälsningar,
Carolina
*From:* Carolina Bredhult
*Sent:* 05 June 2009 12:11
*To:* Anders Lindeberg
*Cc:* Charlotta Naeslund; Hanna Collby
*Subject:* Kommentarer från AZ Q28125
Hej Anders,
Nu har vi äntligen(!) fått kommentarer på draft CSR för Q28125. Vi har fått
en fråga om intra- och inter-subject variability, se nedan.
Page 37
table 15
Hwang Clara CWH
1
(from Yusong): The intra-subject %CV is much higher than inter-subject ones.
It may happen, but I would like check the data to make sure it is correct.
Kan du kolla så att data i tabell 15 och 16 (T11030203_4 för Part A och B)
stämmer och att det inte råkat bli någon omkastning mellan inter- och
intra-subject variability?
Vänliga hälsningar,
Carolina
*Carolina Bredhult, Ph.D.***
Medical Writer, Phase I Services
--------------------------------------------------------------------------------------------------
*Q**UINTILES AB*
Box 1543
SE-751 45 Uppsala, Sweden
* *
*Visiting address:*
Strandbodgatan 1
SE-753 23 Uppsala, Sweden
*Telephone:* +46 (0) 18 431 12 16
*Email: *carolina.bredhult@quintiles.com <carina.bonser@quintiles.com>
*Web:* http://www.quintiles.com
*P** **Please consider your environmental responsibilities before printing
this email.*
********************** IMPORTANT--PLEASE READ ************************
This electronic message, including its attachments, is COMPANY CONFIDENTIAL
and may contain PROPRIETARY or LEGALLY PRIVILEGED information. If you are
not the intended recipient, you are hereby notified that any use, disclosure,
copying, or distribution of this message or any of the information included
in it is unauthorized and strictly prohibited. If you have received this
message in error, please immediately notify the sender by reply e-mail and
permanently delete this message and its attachments, along with any copies
thereof. Thank you.
************************************************************************
